Generell hat das Bundesamt für Naturschutz weitreichende Aufgaben zu erfüllen. Zu diesen zählen unter anderem die fachliche und wissenschaftliche Beratung des Bundesumweltministeriums in allen wichtigen Fragen. Das Bundesumweltministerium wiederum ist für den Schutz von Flora und Fauna in Deutschland verantwortlich. Es benötigt für seine Arbeit umfassende Informationen zu Themen wie etwa dem Umweltschutz. So recherchiert das Bundesamt für Naturschutz regelmäßig zu zentralen Themen, wie dem Schutz bedrohter Pflanzen und Tiere. Es hat finanzielle Mittel, um verschiedene Förderprogramme einzurichten und durchzuführen und so den Naturschutz im Land zu unterstützen.
Zwei der zentralen Aufgaben des Bundesamts für Naturschutz sind die Verwaltung und Aufsicht über die Nationalparks des Landes. Das Bundesamt gewährleistet, dass die Nationalparks mit genug Personal ausgestattet sind und sich in einem guten Zustand befinden. Es erhebt auch regelmäßig die wichtigsten Daten und Fakten über die Parks. Dazu zählen zum Beispiel ihre Größe, der Bestand an Tieren und Pflanzen sowie die Besucherzahlen.
Darüber hinaus hat dieses Bundesamt die Aufgabe, Vorhaben für die Einrichtung neuer Nationalparks zu prüfen und vorzubereiten. In solchen Fällen bewertet es die Chancen für die Einrichtung eines Parks und spricht mit den beteiligten Parteien.